季君之乱

两位特殊部队的队员坐在运输机内，盯着监控的屏幕。突然一声警报响起，系统检测到有怪兽出现。这时候特殊部队队员比留间弦人下达了新的指令，弦人命令所有人按照预案去指定地点集合。一头来自宇宙的怪兽甲壳怪兽从天而降，巨大的冲击力给城市带来了很大的破坏。地面防卫部队与怪兽展开了激烈交战。怪兽的肆意破坏摧毁了很多大楼，怪兽出现的地方化为了一片火海。弦人为了拯救还没有逃出的群众，独自冲入火海救人。弦人在救人过程中出现意外，关键时刻他体内涌现出一道神秘的光。新的奥特曼就此诞生了，新的奥特曼不光救下了弦人队长，还打败了怪兽。地球防卫队日本支部的参谋长宣布成立全新的小队，全称叫特殊怪兽对应分遣队。招揽优秀的战斗人员组成一支精英小队专门处理怪兽。。一个全身闪红光的哥斯拉在香港登陆，并把港岛和九龙的繁荣商业区破坏後离去。及後东京海底队道亦因为隧道机械主轴溶化不停发生事故，原来哥斯拉身上的冷却系统已破坏，令牠体内核子分裂快速活性化，并变成一座懂得步行的核子厂。同时东京水族馆发生谜一样的事件—水族馆内的鱼被离奇杀害，经研究後发现是一些生活在二亿多年前的地层生物—狄斯亚所造成。在临海副都心，自卫队派出冷冻战车迎战不明生物—狄斯亚及哥斯拉。此时哥斯拉的体温最终到达一千二百度，并可能引发全人类灭亡的核爆……。